Wirusów na PDA może nie ma jeszcze zbyt wiele, ale na rynku dostępnych jest już kilka aplikacji do ich zwalczania. Jednym z bardziej popularnych programów tego typu jest AirScanner AntiVirus. Ostatnio udostępniono nową jego wersję (3.0) oferującą poza odświeżonym interfejsem graficznym również opcję ciągłego monitoringu systemu, ulepszony menadżer zadań ułatwiający ubijanie wrogich aplikacji, rozbudowany system planowania automatycznych aktualizacji i skanowania oraz mniejsze zapotrzebowanie na czas procesora oraz ilość pamięci operacyjnej.

Smart File Acceptor to mały program przygotowany przez autora opisywanej ostatnio aplikacji o nazwie The Real Blue Jack. Realizuje on jedną z wielu funkcji oferowanych przez drugi z wymienionych programów, przy okazji nieco ją rozbudowując. Otóż ułatwia on odbieranie plików przesyłanych przez Bluetooth. Smart File Acceptor przeznaczony jest dla użytkowników PDA których moduł Bluetooth kontrolowany jest przez menadżera Microsoftu, który po pierwsze nie pozwala na wybranie folderu docelowego, dla odbieranych plików, a po drugie za każdym razem zadaje pytanie, czy zapisać dany plik w pamięci czy go odrzucić.

Program TxtMan, napisany przez Bena Hirashimę i dystrybuowany jako freeware, wysyła i odbiera SMSy, które wyświetlane są w formie czatu - podobnie jak w internetowych komunikatorach. Program ten został napisany dla Windows Mobile 5.0 zarówno w edycji Pocket PC jak MS Smartphone i jak twierdzi autor, był on testowany głównie na Motoroli Q i kilku innych urządzeniach (między innymi Treo 700w czy Samsungu i320). Program wymaga zainstalowania bibliotek .NET Compact Framework 2.x.