EXE które ściągasz ze strony uruchom na komputerze stacjonarnym - z zasady jest to instalator, który dopiero wpakuje konkretny program na Pocket-a (musisz być podłączony przez ActiveSync).
Jeżeli ze strony ściągniesz plik CAB to jego należy uruchomić na Pockecie (dwukrotnym tapnięciem) i on wtedy zainstaluje aplikacje.
A co do XScale i tak dalej to są procesory - programy są wypuszczane w wersjach na konkretne procesory - instalatory uruchamiane na PC mają w sobie wersje na różne procesory i nie musisz się tym przejmować - jeżeli ściągasz CAB-a to w Twoim przypadku musi to być ARM lub XScale (jeżeli w ogóle w nazwie CAB-a spotkasz XScale).