Zarówno AM jak i Free Navigator działają bez problemu na rozdzielczości 800x480. Być może coś zrobiłeś nie tak jak trzeba? Zazwyczaj trzeba najpierw zainstalować głównego instalatora Free navigatora na PC, po czym dopiero z niego wskazać kartę pamięci, na którą zostanie wgrana wersja na Win CE. Osobiście używałem Free Nav na 7 calowym radiu w aucie (AS7068) i poza tym, że jest dość brzydki i niezbyt szybko działa, to nie było problemów.
Co do bibliotek - zazwyczaj jest tak, że jeśli którejś brakuje (mówię o podstawowych DLL'kach), program w ogóle się nie uruchomi (komunikat "not a valid CE..."). Wersja AM na WIN CE (wceam.exe) wymaga tylko COREDLL,COMMCTR i WS2, a te biblioteki są w każdym radiu. Jest jednak teoretycznie szansa, że biblioteka z radia ma jakąś "wadę" powodującą zawieszenie (wtedy faktycznie podmiany mogą pomóc). Skoro stwierdzasz, że problem związany jest z GPS'em, to sprawdził bym przede wszystkim dodatkowe ustawienia AM odnoszące się do GPS'u - "czytaj port w osobnym wątku" i "otwieraj tylko gdy używany". Znajdziesz je w ustawieniach GPS - spróbuj je przestawiać. Zawieszenie występuje PO WYKRYCIU ODBIORNIKA (brak jeszcze jakichkolwiek pasków z satelitami), czy dopiero przy wyznaczeniu pozycji (jest wiele pasków i zapalają się na zielono?