bootloader oraz soft do programowania uploadujesz normalanie przez ActiveSync na PDA, potem odpalasz to na PDA i instalujesz nowy bootloader - sama instalacja bootloadera nic ci nie zrobi (o ile czegoś nie zwalisz podczas programowania) i dalej będziesz miał oryginalny system tylko troszkę inaczej ci się będzie startował.
Efektem ubocznym w moim przypadku było to ze soft restet przy linuxowym bootloaderze był traktowany jak hard reset.