A jak go wyeksportowałeś? Nie wiem jak jest w VS2008, ale w 2005 masz szablon projektu cab i tam w okienku możesz dodawać jakie pliki się kopiują i gdzie, a także jakie klucze rejestru należy ustawić na określoną wartość. Pewnie w vs2008 też jest taki typ projektu...
Linki do programów są w katalogu "\windows\Menu start\Programy" albo podobnym w zależności od wersji jęz. - zatem dobrze posługiwać się w projekcie symbolicznym nazwami katalogów w miarę możliwości.