Nie może być inaczej bo 1 plik to dla AM 1 ślad,
po sklejeniu pierwsza pozycja z następnego śladu jest po prostu kolejną pozycją wsześniejszego śladu.
Pliki *.gps.bin można bezpośrednio wyświetlić dopiero od przedwczoraj

(tylko w AM 4.1)
Te pliki są właśnie po to, co właśnie odkryłeś

zapisane w postaci binarnej zajmują mniej miejsca
i przyspieszają wyświetlenie śladu, różnicę widać dopiero na dużych plikach.
Notatnik nie nadaje sie do edycji plików binarnych, bo nie zapisuje niektórych znaków niedrukowalnych
(zamienia je na inne) i w ten sposób zniekształca pliki.
Możesz spróbować jakimś starym edytorem dosowym w którym da się otworzyć większe pliki np. edytor z DosNavigatora.