Co innego wyłączenie a co innego uśpienie. Z treści posta domyślam się, że jednak chodzi Ci o uśpienie (mimo, że w opcjach WM nazywa się to wyłączeniem). Być może automapa nie przywraca oryginalnych ustawień. Zrób test, ustaw sobie usypianie jak trzeba, odpal AM, wyłącz AM i zobacz jak teraz wyglądają opcje usypiania.
U mnie AM nic nie zmienia w tych opcjach.
Z drugiej strony nie napisałeś nawet która wersja AM powoduje takie problemy.