Rom i radio rom to dwie odrębne rzeczy. Możesz modyfikować jedno nie ruszając drugiego i na odwrót. Jedyne powiązanie to biblioteka rilphone.dll instalowana w rom-ach (zazwyczaj jakaś jest już z nimi dostarczana, która nie zawsze może dobrze działać z naszym radiem).
Stock SPL służy tylko do przywrócenia orginalnego SPL-a, gdyby np. zaszła potrzeba wysyłki na gwarancję. Do standardowego działania można zostawić HardSPL.
Co do dźwięków to nic takiego mnie się nie wydarzyło. Pamiętaj o robieniu HardReset-ów tuż po uruchomieniu nowo wgranego rom-u. Czasem zapobiega dziwnym zachowaniom się oprogramowania.