Żeby niemiecki kontrahent nie doliczył Ci swojego VAT-u (bodajże 16,5%), to faktycznie musisz mu podać swój NIP unijny. Taki numer nadaje Twój Urząd Skarbowy - będzie to dotychczasowy numerek tylko poprzedzony literkami PL.
Co do przesyłki, to czegoś takiego jak granica już praktycznie nie ma

Nie ma również cła przy imporcie do Polski (w przypadku towarów spoza Unii, cło naliczane jest w momencie i w kraju wprowadzenia towarów na teren Unii, czyli w tym wypadku cena, którą płacisz kontrahentowi niemieckiemu już zawiera tę opłatę).
Towar przyjdzie bezpośrednio do Ciebie, a dalej - tak jak napisał perla - jest trochę roboty księgowej. I jeszcze jedno: jak Twoje zakupy przekroczą 300 tys. PLN, to będzisz musiał składać co miesiąc deklaracje Intrastat - można to robić osobiście lub przez upoważnioną firmę (zajmują się tym niektóre Agencje Celne)