nie ma takiej możliwości
i to nie zależy od Windows, po prostu w systemie FAT16 maksymalna pojemność wynosi 2GB co wynika z metody adresowania i czystej matematyki...
jeśli musisz mieć FAT16 pozostaje Ci postarać się o mniejszą kartę
albo ewentualnie założyć na niej mniejszą partycję i sformatować ją na FAt16, choć nie wiem czy to dobry pomysł w przypadku wgrywania romu