Skrypt darktremora przenosi foldery app, data i cache (etc.) na kartę pamięci, wskutek czego nie ma znaczenia, czy aplikacja jest na sd, czy internal memory.
Ja bym postawił na problemy z montowaniem karty. Jak miałem nexusa, póki karta nie była zamontowana poprawnie, widgety nie były ładowane. Problem znikał po chwili od zamontowania karty.
Przeniesienie do system/app zapcha niepotrzebnie pamięć, która i tak jest przecież niewielka.
Na Twoim miejscu sformatowałbym kartę pamięci, a partycję ext utworzył przez recovery, najlepiej 4ext, jeśli na HD2 jest dostępne.