Udało mi się rozwiązać problem. O dziwo po instalacji Samsung New PC Studio KIES zaczął działać prawidłowo i już sobie radzi z plikami.
W miedzyczasie napisałem prośbę do pomocy technicznej samsunga i oni odpowiedzieli mi że problem jest im znany i dotyczy programu. Poradzili zainstalować starszą wersję programu (na starszej też mi po instalacji nowszej nie działało). Podobno pracują nad nowszą wersją KIES.