Standardowy sposób instalacji programów na platformie CE - z wykorzystaniem archiwum cab nie sprzyja ręcznym przenosinom plików po systemie. Cab to nie tylko skompresowane pliki, ale znacznie więcej: informacja o domyślnym miejscu instalacji, skróty do plików w systemie (na pulpicie i menu start), czy wreszcie informacje wprowadzane do rejestru w trakcie instalacji. Wszystkie te dane można podejrzeć na PC (WinCE Cab Manager) i później pozmieniać wymagane wpisy - to zresztą dosyć pouczające, bo od razu wiadomo, co i gdzie jest kopiowane do systemu i co zmieniane w rejestrze (a dodatkowo możemy metodą prób i błędów ustalić, co da się wyrzucić z RAMu i przenieść na kartę, a co musi pozostać na przykład w \Windows).
Niestety często programy przy pierwszym uruchomieniu dodają dodatkowe zmiany do rejestru, a te musimy prześledzić sami.
Podsumowując - najlepszym rozwiązaniem w tej sytuacji jest odinstalowanie programów i i ich ponowne zainstalowanie. A na przyszłość polecam przechowywanie gdzieś na karcie CF instalacyjnych cabów, by nie trzeba ich było za każdym razem przenosić do handhelda.