Być może toolhelp po prostu gryzie się z CE 6.0, a daje go w paczkach, bo nawet czasem w CE 5.0 potrafi go brakować.
Z tego co piszesz wynika, że Twój explorer po prostu nie obsługuje "parametrów" przy wywołaniu. Z niektórymi niestety tak jest. W takiej opcji można albo tak jak Ty robisz wyłączać pasek Taskbar'em, albo wyłączyć "always on top" (wtedy pasek sam się schowa w tle). Jeśli wolisz Taskbara, to proponował bym przerobić Twój skrypt pierwotny, bo tak jak miałeś, to chyba musiałeś resetować sprzęt, po każdym uruchomieniu Automapy, inaczej co drugie odpalenie byłby pasek.
Czyli tak:
if not procexists explorer.exe
run \windows\explorer.exe
sleep 2500
run \SDMMC\TTbar.exe
endif
run \SDMMC\Automapa EU\AutoMapa EU.exe
W ten sposób masz tak - po resecie odpalasz ten skrypt jako automapę niby. On sprawdza, czy to pierwsze uruchomienie po resecie (czy explorer jest w pamięci). Jeśli nie znajdzie, odpala, po czym chowa pasek, a na koniec odpala AM. Jeśli zakończysz działanie AM normalnie i później uśpisz urządzenie, to przy następnym uruchomieniu skryptu, ten tylko odpali Automapa EU.exe, nie będzie już kombinował z explorerem i paskiem.