Domyślam się, że masz ustawienie "automatyczne". Spróbuj tak, uruchom Automapę tak by złapała sygnał, wejdź na zakładkę ustawień GPS i zapisz sobie jaki com znalazło i jaki baudrate. Przestaw opcję Auto (comX) na comX (taki jak się wyświetla). Przy następnym uruchomieniu sprawdź w GPS/informacje na trzeciej zakładce, czy dane z GPS'u zaczynają lecieć od razu. Jeśli tak, a sygnału z satelitów nie ma, to znaczy że problem jest z samym odbiornikiem, jeśli zaś danych nie ma, to może trzeba spróbować przestawić opcje otwierania portu (jedna z zakładek Ustawień GPS).