Miałem ten sam problem ze SpriteBackup dołączonym na płycie do Kaisera. Postanowiłem zaciągnąć Trial komercyjnej wersji i sprawdzić czy będzie dublował ikony aplikacji nie tylko w programach ale i w elementach menu i ku mojemu zaskoczeniu nic takiego się nie stało, powiem więcej...po wykonaniu "backup-u" ze zdublowanymi elementami menu, "restore" wykonał sie poprawnie tzn. bez dubli.
Kupiłem licencje i po sprawie...