IE nie "ma" apletów Javy, nie obsługuje ich, choć może by coś takiego było, gdyby była możliwość instalowania formantów ActiveX na Pocketowej wersji tej przeglądarki, a Sun by się postarał o odpowiednią wtyczkę. Jednak i tak jeśli komuś zależy na uaktualnieniu Pocket IE, to w porównaniu z 2002, Pocket PC 2003 daje bardzo wiele ulepszeń na tym polu - engine HTML tutaj jest zbliżony do IE 5.5/6, a przeciwieństwie do ulepszonej hybrydy IE 3 i 4 w PPC 2002.