Zrób SR i nie uruchamiaj Manili. Jeśli uruchamia ci się automatycznie to w Settings>Today ją wyłącz (można tak, prawda?) i w tedy SR.
Potem z poziomu Pocketa Total Commanderem przejdz na \Storage Card\<katalog z plikami do podmiany>\, wciśnij ctrl+a (zaznacz wszystko), tapnij File>Copy/Move, wpisz \Windows i tapnij Copy, potem aby nadpisał wszysko (overwrite all?).