Ja znam tylko jedna metode (jesli chodzi o programy kompilowane dla konkretnego procesora - np. ARM, a nie .NET). Wystarcza darmowe Embedded Visual Tools (do sciagniecia ze stron Microsoftu). Wiecej informacji znajdziesz w Google ("evt debugger"), ale nie jest to raczej latwa lektura...
(no chyba, ze juz sie spotkales z assemblerem procesora ARM). Powodzenia!