Nie jestem pewien co do Windows CE, ale na pewno 99% programów z WM5 uruchomi się na WM6, a na odwrót (tzn. jeśli program WM6 wykorzystuje typowe funkcje systemu WM6, których w WM5 nie ma) to nie musi działać. Używam WM6 i uruchamiam na nim bez problemów prawie wszystkie programy nawet powstałe dla WM 2003, więc ta kompatybilność w tył nie jest taka zła. Oczywiście są wyjątki, czasami coś starego nie chce działać, ale i takie problemy często da się rozwiązać.