Tworząc projekt windows mobile w VS deklarujesz, dla jakich platform ma on być przeznaczony. Potem dostajesz w IDE opcję, czy program po kompilacji ma być osadzony w emulatorze, czy na urządzeniu. To tyle.
Palmy nie obsługują .exe, ale rozumiem że pytasz o Pocket PC, więc tutaj odpowiedź brzmi "jak najbardziej" - to działa podobnie jak aplikacje pod Windows.
Po osadzeniu takiego programu z poziomu IDE jest on widoczny bodajże w menu start. A jeśli chcesz wykonać pełną, poprawną instalację, zapoznaj się z tworzeniem instalacyjnych plików .cab . W ogóle zapoznaj się z czymkolwiek, zabierając się za programowanie dla Pocket PC, bo jeśli stawiasz pytanie, czy obsługują one pliki exe, to w jakim tempie zamierzasz się posuwać tak po omacku?