W obu przypadkach będzie działało i nic złego się nie stanie.
Nie wiem jak wygląda sprawa wydajności - zaglądnij do tematu o testach kart pamięci, może coś znajdziesz.
Zaletą FAT32 jest to, że możesz ustawić mniejszy rozmiar klastra a to powinno przełożyć się na zmniejszenie ilości zmarnowanego miejsca na karcie.
Gdybyś posiadał kartę o większej pojemności niż 2GB to tak czy inaczej musiałbyś formatować w FAT32 bo FAT16 już takich wielkości nie obsługuje.