Nie wiem, czy moja uwaga w Twoim przypadku pomoże.
Ja po upgrade do 4.1.2. miałem nie dokładnie takie same, ale też różne przedziwne objawy. W końcu odinstalowałem mapę oraz na piechotę usunąłem cały katalog \Karta SD\AutoMapa EU, pozbywając się w ten sposób wszelkich plików ze starą konfiguracją.
Po zainstalowaniu AM 4.1.2. pełnej wersji od zera (a nie upgradowaniu starej wersji) wszystko śmiga mi aż miło. Nawet prawie czterdzieści tysięcy POI uzytkownika nie spowalnia pracy w żaden zauważalny sposób. Tylko ulubione ustawienia musiałem wprowadzić na piechotę.