Sprawdź w Omnii w Ustawieniach systemu Zewnętrzny GPS - ja mam port programu COM7, port sprzętu COM9 i szybkość transmisji 4800 oraz włączone (zaznaczone) automatyczne zarządzanie systemem GPS. W AutoMapie powinno być tak samo: Ustawienia - GPS - podłączony do portu COM7 lub ewentualnie Auto(COM7) oraz prędkość odczytu 4800.
Co do gubienia śladu, spróbuj w następnych zakładkach GPS zmieniać opóźnienie sygnału (mam 1.3 s z zaznaczonym uwzględnianiem pozycji) i ignorowanie odchyleń (mam średnie) oraz częstotliwość odczytu portu GPS (mam 0.5 s / 2 Hz).