a jak wrzucasz do folderu data/app to nie instalują Ci się one automatycznie? Tak powinno być, zresztą jak wrzucisz do system/app również, ja tak robiłem i nie było z tym problemów, z tym że jeżeli chodzi Ci o podmianę launchera itd, to oczywiście tylko do system/app i nazwa chyba musi być zmieniona, no chyba że tak jak mówisz coś siedzi w tym manifest.mf, tak głęboko to się nie zagłębiałem.