Jest różnica w jakości połączenia. Standardowo na port USB przydzielone jest 500 mA, spotkałem się już z kilkomaprądożernymi urządzeniami które działały poprawnie TYLKO na portach USB zintegrowanych z płytą.
Na portach 'śledziach' łączących się z płytą główną za pomocą dodatkowych kabelków te urządzenia chodzić nie chciały.