U mnie na WM5 też znikały SMS'y po SR. Chyba trzeba zamknąć aplikację Text Messages jakimś task managerem zanim zrobi się SR (o ile się da), wtedy SMS'y się zapisują.
Ewentualnie, jeżeli bardzo Ci na tym zależy, to możesz sam siebie szpiegować B) programem Windows Mobile Monitor. Zapisuje do pliku wszystkie połączenia i SMS'y (przynajmniej w teorii, nie sprawdzałem dokładnie, bo chyba trochę mulił system i wywaliłem).