A ja podejrzewam że nie ma żadnego sektora bootującego, tylko bootloader w urządzeniu po wykryciu odpowiednio przygotowanej karty (a może to być choćby układ partycji, rozmiar, czy układ folderów na niej) przystępuje do kopiowania. Przestańcie to traktować jak komputer.
CLAy - bo przegapiłem wcześniej - piszesz że porty robione są niechlujnie. Błąd. Jądro linuxa jest zoptymalizowane do pracy na x86, aby działało równie wydajnie na innej architekturze musiałoby być przepisane w dużej części od postaw. Poza tym jądro, przynajmniej pod pda kompiluje się zwyczajnie na arm (armel), a nie z optymalizacjami dla konkretnego procesora (nie wiem czy jest taka możliwość w crosscompilerach)