Czyli w razie potrzeby mogę sobie bez tracenia gwarancji wywalić wszystkie aplikacje dodane przez LG bez utraty gwarancji czy też jest w tym jakiś haczyk w rodzaju Samsungowego Knocka? 
Nie ma Knox'a ani liczników. Mając LG Optimus G Pro i studiując XDA nie natrafiłem na żadne info o tym. Root'ować możesz spokojnie, wywalić aplikacje też. Wątpię by ktoś na gwarancji przyczepił się, że brakuje jakiejś tam śmieć-aplikacji od LG.
Natomiast jest zabezpieczenie bootloader'a i jeśli spróbujesz wgrać niestandardowe recovery (np ClockWorkMod lub TWRP), to wyjdzie ci błąd sygnatury (czy sumy kontrolnej) i telefon się już wogóle nie uruchomi.
Dlatego recovery trzeba wgrywać z doinstalowanym obejściem, aby przeszło proces boot'owania i kontroli sygnatury (tak przygotowany obraz recovery ma wtedy rozszerzenie .lok).
Tu masz szczegóły:
https://github.com/djrbliss/lokiNajprościej to zrobić programem
FreeGee na zrootowanym telefonie, który pobiera CWM lub TWRP (do wyboru) z Internetu, przerabia je na .lok i instaluje w telefonie, a ty o nic się nie musisz martwić.
Jak już jest to zrobione, to samego CyanogenMod'a (lub inne) można już wgrywać bezpośrednio z CWM/TWRP, bez żadnych zabiegów/patchy i bez obaw (tak jak na każdym innym telefonie).
Jednak drugi akapit nie interesuje cię, jeśli chcesz chcesz zostać na stock'owym firmware. Ja nie chciałem, bo bardzo mi się podoba CyanogenMod 11 (ma np przywrócone ustawianie uprawnień dla aplikacji, które było w Androidzie 4.3, a które google usunęło w 4.4).