Pobawiłem się jeszcze Quick Menu i jest jeszcze jedno rozwiązanie.
W opcjach konfiguracyjnych Quick Menu idziesz do zakładki "Menu Items".
Tam odznaczasz zaznaczenie przy pozycji "[ ] Frequnters".
Poniżej okna z pozycjami zaznaczasz "[V] Custom "program" folder:"
W okienku poniżej tego dajesz ścieżke "Windows/Menu Start/Programy/"
Dzięki czemu masz tylko wszystkie foldery i skróty z tej pozycji oraz nie ma odnośnika do pustego folderu. Jedyna wada to taka że nie ma linków do szybkiego uruchamiania, ale to chyba nie problem, a wg. mnie nawet lepiej bo menu jest krótsze i nie wydłuża się znacznie jak wyświetlą się w nim już uruchomione programy. Poza tym szybkie uruchamianie działa nadal, bo jak najedziesz na znaczek windows masz Quick Menu, a jak na napis "Start" (lub jak jest uruchomiony jakiś program, to na jego nazwę) obok niego wyświetli się klasyczne menu z którego działający link do ustawień oraz szybkie skróty

Co ciekawe problem ten dotyczy tylko polskiego Windows, na angielskim pozycja "Settings" wyświetla się poprawnie - najpewniej chodzi tu o inną nazwę katalogu.